Особое место в научной работе Валерия Анатольевича Цветкова занимают вопросы методологии макроэкономического анализа, проблемы формирования конкурентной среды, а также анализ влияния структурных преобразований на долгосрочную экономическую динамику.

Его важнейшие работы содержат теоретический анализ современного состояния, возможностей и перспектив социально-экономического развития России с позиций инновационных преобразований экономики, включают вариантные результаты прогнозных оценок и различные сценарии социально-экономического развития страны на долгосрочную перспективу.

В.А. Цветковым предложены и апробированы оригинальные модели по совершенствованию способов регулирования циклических колебаний макроэкономической динамики и стратегии опережающего развития. На этой основе проанализирован потенциал модернизации экономики России в контексте ее сотрудничества с другими странами СНГ. Разработаны предложения, направленные на восстановление емкого внутреннего рынка страны на основе формирования единого экономического пространства между странами СНГ.

Проведены комплексно-системное исследование проблемы формирования эволюционной модели транспортно-транзитной системы России в условиях интеграции и глобализации и разработка научно обоснованных предложений по модернизации этой отрасли в контексте инновационного пути развития. Определены подходы к повышению транзитных возможностей территорий России в условиях рыночной конкуренции инфраструктурных проектов.

Разработаны теоретико-методологические положения, методики и практические рекомендации по формированию и реализации многоуровневой промышленной политики РФ в условиях углубления экономической интеграции с учетом систематизации факторов внешней среды (мега-, макро-, мезо- и микросреды).
Разработана концептуальная модель управления энергетической безопасностью региона, обеспечивающая решение трех блоков задач: сбалансированное развитие региона; устойчивое развитие и функционирование энергетической инфраструктуры; повышение энергоэффективности и энергосбережения в регионе.
Полученные в работах В.А. Цветкова результаты используются при подготовке аналитических докладов, справок и записок для Минэкономразвития РФ, Торгово-промышленной палаты РФ (ТПП РФ); при подготовке ряда законопроектов Государственной Думы и Совета Федерации Федерального Собрания РФ, а также в учебном процессе при чтении курсов лекций в ряде высших учебных заведений.